Las Sub Delegaciones Regionales, por su competencia territorial y por la cantidad de habitantes que están en obligación de atender, son las sedes regionales en segundo lugar de importancia, pues son más pequeñas que las Delegaciones. Actualmente son 13: Cañas, Jacó, La Unión, Nicoya, Quepos, Siquirres, Turrialba, Sarapiquí, Bribrí, Batán, Grecia, La Fortunay Osa.