Desde el año 2009 el Organismo de Investigación ha venido regulando mediante normativa interna la realización permanente de rendición de cuentas interna de las personas que laboran para la Policía Judicial, teniéndose para ello revisiones periódicas ya ajustadas cada tres meses (rendición de cuentas del personal o de primer nivel) sobre el avance en los casos asignados, cantidad de casos resueltos, calidad de las investigaciones resueltas, tiempo invertido en cada una de ellas y en general la efectividad (eficiencia y eficacia) demostrada en el ejercicio de sus funciones, siempre con miras a tomar las acciones correctivas que se estimen pertinentes.

Además se tiene un segundo nivel de rendición de cuentas en el cual las jefaturas de sección y departamentales rinden cuentas directamente y de forma semestral a la Dirección General basado en indicadores claves de desempeño y de gestión mediante sistemas de información gerencial que se disponen para una revisión integral de la Institución.

Finalmente la Dirección General realiza un informe de cumplimiento de labores en el cual indica la consecución de los objetivos encomendados y socializa estos resultados en la segunda semana de diciembre con ocasión del aniversario del Organismo de Investigación Judicial, mediante una rendición de cuentas de la Dirección General (o de tercer nivel), mismo que traslada a la Presidencia de la Corte Suprema de Justicia.