Este departamento se encarga de realizar pericias en cada sección de acuerdo a su ámbito de trabajo, a los indicios que son recolectados en los sitios del suceso, mediante la aplicación de metodologías analíticas, que cumplen con los requisitos necesarios para garantizar la calidad de las mismas.

Su especialización y políticas de desarrollo, le han permitido establecer métodos de reciente aplicación en el área científico - forense y seguir con un plan claro de modernización sostenible de acuerdo a las necesidades de la sociedad costarricense en el campo de la justicia.

Las funciones que se realizan en el Departamento de Ciencias Forenses  son de gran importancia para la investigación criminal, ya que trabaja en forma coordinada con el Departamento de Investigaciones Criminales, el Departamento de Medicina Legal y el Ministerio Público.

Orientación científica que haga de la prueba un elemento lícito, permanente y útil:

La licitud de un elemento que vaya a servir como prueba ante los Tribunales de Justicia, está sujeta a varios procesos que van desde la debida recolección de indicios, la cadena de custodia, y las políticas de control de calidad a la hora de manipularlo con el fin de efectuar un análisis o pericia determinada. Es por lo anterior, que la protección de un indicio o cualquier tipo de contaminación debe responder a los principios forenses de conservación, permanencia y transferencia.

La justa determinación delos responsables de cualquier hecho delictivo, no puede quedar en manos de criterios subjetivos o no demostrables, es por ello que la validación científica de los resultados debe responder a un fundamento científico, planteándose en primer lugar una hipótesis; resultado de la observación complementada con los conocimientos científicos.

Mediante los análisis de laboratorio, se pasa a la experimentación, destinada a obtener información relevante para probar la hipótesis que anteriormente se había planteado. Para finalizar la pericia, se emiten resultados y conclusiones en un documento oficial denominado Dictamen Criminalístico.

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La administración está ubicada, 25 metros al sur de la entrada de vehículos del edificio del OIJ, casa en el centro de la cuadra de una planta color blanco portón negro

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