El Organismo de Investigación Judicial como policía se encuentra regulado y fiscalizado por diferentes entidades a lo interno del Poder Judicial así como a nivel externo las cuales ejercen una función examinadora sobre la gestión que se realiza a nivel general en la Institución, éstos entes tienen carácter independiente y se encargan de vigilar que las labores que se realizan se hagan dentro del marco de cumplimiento de labores asignadas por ley, recayendo esta responsabilidad a lo interno en la Comisión de Enlace Poder Judicial-OIJ y la Auditoria Judicial, mientras que a lo externo por la Contraloría General de la República.

En el ámbito interno y en materia disciplinaria, el personal del Organismo de Investigación, se encuentra bajo la aplicación del régimen disciplinario por las actuaciones de su personal. Para ello cuenta con una Oficina de Asuntos Internos adscrita a la Dirección General que instruye aquellas causas disciplinarias cuya sanción sea inferior a 15 días de suspensión e investiga casos por irregularidades del personal de este Organismo, siendo que para las jefaturas regionales, éstas tienen la potestad instructora. Asimismo, para las causas cuya sanción es superior a los 15 días de suspensión hasta la revocatoria de nombramiento inclusive, la Ley Orgánica del Poder Judicial tiene establecido el Tribunal de la Inspección Judicial.