El Organismo de Investigación Judicial está sometido a diferentes medios de control tanto internos (propios e impropios) como también externos. Estos controles tienen la finalidad de perfeccionar o por lo menos mejorar el funcionamiento de la Institución dentro de una razonabilidad establecida. Cuando este ejercicio de control ocurre, es usual que existan recomendaciones que surjan producto de las evaluaciones emanadas del ente encargado, las cuales deben de cumplirse. La Policía Judicial se toma muy en serio cualesquiera que sean estas sugerencias a fin de mejorar el modelo de Sistema de Control Interno que posee.